Nos seus 10.000m2 o NPDM conta com 21 laboratórios (toxicologia, farmacologia pré-clínica, dor e inflamação, química analítica, química medicinal, bioprospecção I, bioprospecção II, histopatologia, oncologia experimental, biotecnologia, farmacologia clínica, psiquiatria translacional, farmacogenética, toxinologia, neurofarmacologia, neurofarmacologia II, bioquímica e biologia molecular, psicofarmacologia e comportamento, cirurgia experimental, toxicogenética e odontofarmacologia) para pesquisa toxicológica e farmacológica, e uma estrutura hospitalar composta por 64 leitos, 14 ambulatórios, um consultório odontológico e uma enfermaria especial para teste de novos protocolos em câncer.
Temos ainda 60 gabinetes individuais para os pesquisadores, uma área administrativa e de apoio logístico com salas para secretaria e administração, almoxarifado geral, arquivo, almoxarifado de drogas e reagentes, farmácia, e uma área destinada aos técnicos e pessoal de apoio. Também um refeitório para 100 pessoas e uma área destinada ao ensino com um auditório com capacidade para 200 pessoas, três salas de seminários com capacidade para 50 pessoas cada, uma sala de reuniões, e locais para Comitê de Ética em Pesquisa, Comitê de Ética em Pesquisa Animal e Núcleo de Inovação Tecnológica.
